1、样品的热不稳定性，样品间会发生反应，因此需要快速冷却。由于快速冷却形成的冰晶体小，会降低升华的速率，对于某些样品，可以考虑进行退火处理；
2、诊断试剂一般样品的体积较少，因此在加样及样品转移过程中避免样品蒸发，操作需要迅速，可预先将冻干机的层板降温或通过其他设备提前预冻；
3、尽管低温处理可以避免很多的物理化学变化，如脱酰胺，异构化，水解，氧化，二硫化物的形成等，但是冻干过程中，样品会受到预冻，干燥及脱水应力的影响，可以通过使用保护剂或工艺改进得以解决；
4、样品容器的密封问题：由于样品量较少，一旦吸潮，会导致最终产品的水分含量标高，可以在隔离器或 RABS 系统中进行密封，并且最好双层包裹。
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