但在实际生产过程中，除考虑药物经干燥后的质量因素外，还需同时考虑成本、周期、简便性等因素。冻干因是在真空和低温条件下进行，所需成本比传统干燥方式高，，存在干燥时间长、能耗高和设备投资大等缺点。
冻干机设备在中药领域应用存在的问题，目前大多数有关冻干技术在中药领域的研究仅停留于基础研究，有关其机制缺乏，工业化生产还存在一定障碍。因此未来可不断对冻干机设备进行改良，优化冻干工艺，深入研究其干燥机制，以更好地提高中药质量，助推其现代化发展。
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